Το Εργαστήριο Μικροβιολογίας και Βιοτεχνολογίας Τροφίμων του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών ιδρύθηκε με το ΠΔ 408/1994, βάσει του οποίου καταργήθηκε το Εργαστήριο Γεωργικών Βιομηχανιών και στη θέση του ιδρύθηκαν τα Εργαστήρια Χημείας και Ανάλυσης Τροφίμων, Μικροβιολογίας και Βιοτεχνολογίας Τροφίμων, Ποιοτικού Ελέγχου και Υγιεινής Τροφίμων και Ποτών και Μηχανικής Τροφίμων και Επεξεργασίας και Συντήρησης Γεωργικών Προϊόντων. Το Εργαστήριο Μικροβιολογίας και Βιοτεχνολογίας Τροφίμων εξυπηρετεί εκπαιδευτικές και ερευνητικές ανάγκες στα παρακάτω γνωστικά αντικείμενα:

• Μικροοργανισμοί οι οποίοι εμφανίζονται ή χρησιμοποιούνται στα τρόφιμα (παθογόνοι και μη-παθογόνοι).
• Μέθοδοι προσδιορισμού των μικροοργανισμών των τροφίμων.
• Υγιεινή Βιομηχανιών τροφίμων
• Τεχνολογία παραγωγής ζυμωμένων προϊόντων και καθαρών καλλιεργειών για την παραγωγή αυτών.
• Εφαρμογές των βιοτεχνολογικών μεθόδων για την ανάπτυξη νέων τεχνικών παραγωγής τροφίμων, προϊόντων υψηλής προστιθέμενης αξίας και αξιοποίησης των υποπροϊόντων της Βιομηχανίας τροφίμων.

Με βάση συνεπώς τα ανωτέρω γνωστικά αντικείμενα, οι ερευνητικές και εκπαιδευτικές ανάγκες του Εργαστηρίου Μικροβιολογίας και Βιοτεχνολογίας Τροφίμων του Γεωπονικού Πανεπιστημίου εμφανίζουν ένα «διττό» σκοπό: αφενός μεν τον έλεγχο των ανεπιθύμητων μικροοργανισμών (παθογόνοι και μη-παθογόνοι) οι οποίοι ενδέχεται να ευρίσκονται στα τρόφιμα, αφετέρου δε την ελεγχόμενη χρήση των διαφόρων μικροοργανισμών προκειμένου να παραχθούν τρόφιμα ή άλλα προϊόντα υψηλής προστιθέμενης αξίας.